本期视频，我们将向大家介绍蛋白质数据库PDB的使用方法，教大家如何使用PDB数据库检索蛋白质。
首先，我们需要了解PDB数据库是干什么的。PDB数据库全称为Protein Data Bank，是一个专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的国际数据库。数据库里的结构都是经过X射线、核磁、冷冻电镜等试验技术测得的，而不是计算预测得到的。

通过搜索结果左侧的选项来缩小范围，找到我们需要的蛋白质呢？物种学名这里，可以选择蛋白质的来源生物，比如这个Homo开头的物种就是指人类。而下面的选项，可以选择蛋白质来源生物的类型。因为PDE5是高级动物独有的，所以均为真核生物。在实验方法这里，我们可以选择X射线衍射法、冷冻电镜法、核磁共振法解析的蛋白质，不同方法的区别我们将在以后的视频里与大家探讨。这个选项指的是所有搜索结果均为蛋白质，如果是要研究核酸的话还会有DNA、RNA等选项。而接下来的参数十分重要，它指的是结构解析的分辨率，单位是埃，也就是0.1纳米，这个数字越小，意味着结构越清晰，准确性越好。Release Date指的是结构的发表时间，在解析方式相同的情况下，往往越新的日期，分辨率越好。Enzyme Classification Name意思是酶的分类，磷酸二酯酶是水解酶，因此只有Hydrolases这个选项。Symmetry Type指解析得到的结构的对称性，包括不对称、镜面对称、旋转对称等。下面的SCOP全称是Structural Classification of Proteins，指的是蛋白质的分类，大家可以阅读数据库中的这篇文章（见视频）来了解这项参数的意义。

AIDD Pro学术交流QQ群：995026789